公司依據GB/T19001-2008質量管理體系要求，建立了京魯船廠質量管理體系，并于2008年通過ISO9001：2008質量管理體系認證。隨著質量管理體系標準的換版，公司隨之編制并頒布了新版《質量手冊》及《質量管理體系程序文件》等文件，并貫徹實施。公司于2017年完成了ISO9001：2015版的質量管理體系換證審核。
為保證公司質量管理體系的正常有效運行，公司制定了一系列質量管理體系文件，主要包括《質量手冊》、《質量管理體系程序文件》和《質量管理作業文件》等，制定了《內、外、巡檢和外出檢驗管理細則》、《質量監督管理考核細則》、《無損探傷工作流程》《三級檢驗制度》等制度，以確保產品質量的不斷提升，實現了質量檢驗對內一次合格率大于93%、對外大于94%、UT大于97%、RT大于90%的目標。
為了保證公司安全生產，公司起初于2014年順利取得環境管理體系和職業健康安全管理體系認證，并根據相關要求每年進行體系修訂審核通過認證。在安全生產管理方面，公司嚴格按照法律、法規要求建立健全安全生產責任制，設立安全生產委員會，成立安全管理機構并配備專職安全管理人員，定期開展安全生產會議、安全隱患排查、安全培訓等，做到全員參與，全員管理。同時還制定公司級安全生產應急預案，根據預案內容定期組織員工進行應急救援演練，提高應急處置能力。
ISO 9001：2015質量管理體系認證證書
ISO 14001：2015環境管理體系認證證書
ISO 45001：2018職業健康安全管理體系
